Несмотря на то, что в новом анимэ мы увидим некоторых героев "Negima! Magister Negi Magi", это не продолжение старой истории. Мы становимся свидетелями абсолютно новой истории в мире Negima, ведь с момента окончания старой истории прошло уже почти 100 лет.

Новый главный герой рассказа о вселенной, в которой одинаково почитают и науку и магию, 14-летний юноша Тота Коноэ. Он сирота - пару лет назад его родители погибли и с тех пор его опекает учитель магии Юкихимэ. Парнишка очень скоро узнает, что его опекун на самом деле является вампиром, которому уже 700 лет. Он также скоро узнает, что в его мире живет несколько могущественных кланов бессмертных и эти клану находятся в состоянии вечной войну друг против друга. Все это он узнает после знакомства с юным Куромару Токисака, который оказался охотником за головами из клана бессмертных, враждующих с кланом Юкихимэ. Чтобы сразиться и попытаться победить Юкихимэ, Куромару надо было сначала нейтрализовать ее учеников. Он сначала сдружился с Тота, а затем заманил его и его друзей в ловушку. Спасая от неминуемой смерти смертельно раненного Тота, Юкихимэ даёт парнишке выпить не вампирской крови. Так Тота стал вампиром и ему предстоит научиться жить в своём новом образе...